小智一行人在前往浅红市途中，意外到达了忍者学院。
而小刚在这里喜提了一只年幼的爱哭树，尤其是爱哭树还是岩石属性，身为岩石馆主的他终于收服了一只岩石系神奇宝贝，小刚对它可是疼爱的紧！
从忍者学院离开，小智一行人抵达了浅红市郊外的小城镇！
只是这座小城镇显得有些荒凉，人并不是很多，好在这里还有着神奇宝贝中心的存在。
在这里小刚为爱哭树准备的奶被小卡比兽喝光了，爱哭树当即委屈的嚎啕大哭，小刚只好重新为其准备，而小胜则带着小卡比兽去神奇宝贝中心的食堂吃饭去了。
只剩下了小智与小遥留在了原地，小遥从孵化手环中拿出了她的精灵蛋，因为手环显示精灵蛋即将孵化了。
小遥小心抚摸着精灵蛋，期待道，“究竟会孵化出什么神奇宝贝呢？”
小智微笑的看着这一幕，又看向外面阴沉的天气，“这天气正好适合电击怪做特训，小遥你就在这等着吧！”
说完，小智便跑出神奇宝贝中心，来到森林中，让皮卡丘帮电击怪做电击特训，电击怪等级已经很高了，所以小智打算好好训练它，争取早点突破进化！
可是没想到的是，小智离开时，杰尼龟竟然也跟着跑了，只是在门口处拐弯处，跑向了另一个方向。
小遥见状连忙跟了上去，一路追到了一个废弃的车站！
在那里小遥认识到了一位慈眉善目的老婆婆——阿国嫂，还有她的孙女久美子！
小遥经过与久美子交谈得知原来阿国嫂在等久美子的爷爷阿勇！
阿勇年轻的时候从事着精灵蛋的抚养家的工作，而阿国嫂也一直在他身边帮忙。
可是有一天，阿勇决定要上大城市学习更多的知识，这本来是一件好事，却在返回途中遭受了事故丧生于此。
而阿国嫂已经怀上了阿勇的孩子，却没来得及告诉他，成为了阿国嫂一生的遗憾，到现在还是没有放下，经常来到这个废弃的车站等待，坚信阿勇一定会回来的。
此刻雷鸣大作，小智这边电击怪特训已经接近尾声，落雷从天而降轰在电击怪身上。
“皮卡！”皮卡丘有些担心的看着这个小老弟。
“哔哩！！”电击怪大叫一声，落雷被电击怪吸入体内，顿时助其打破了瓶颈！
进化之光涌现，电击兽出现在了小智面前！
【电击兽】
【实力：精英后期】
【招式：电球，终极冲击。。。。。。】
“做的不错，电击兽！”小智笑道，同时运用着波导之力将雨水隔绝开，经过路卡利欧的教导，小智对于波导之力的运用已经越发自如了！
“艾力！”电击兽秀起双臂，兴奋的回复道。
“拉比～”这时，小智脖子项链上的GS球发出光芒，雪拉比从中跑了出来。
“拉比拉比拉比！”雪拉比对小智指划着，通过波导之力小智大概明白了雪拉比的意思。
“你是说这周围出现了时空能量波动！”小智震惊道。
“拉比！”雪拉比点点头，拉着小智向着向时空节点跑去，小智被拉着转身将电击兽收了回来。
最终雪拉比带着小智来到了废弃的车站上的铁轨上，毫不犹豫的发动时间穿越带着小智与皮卡丘它们返回过去或前往未来！
原来不久前，小遥返回了神奇宝贝中心被告知小遥的精灵蛋即将被孵化，但这时调皮的杰尼龟又跑了出去。
小遥无奈的只好跟上，结果杰尼龟竟然捡到了当年阿国嫂遗失的挂链，小遥好奇的打开后，竟然金光大闪，带着小遥重返过去时空！
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嗡——待重新睁开眼时一阵列车轰鸣声响起！
此刻小智与小遥正站在铁轨上，一辆列车正在缓缓进站，小遥顿时被吓的小脸惨白。
“小遥！”小智拉起小遥跃上了站台。