这段时间里，爪哇元一方面整编军队，营造战舰；另一方面，学者们也在思索：大元明明这么宽仁，这么强大，按理说，应该能国祚绵长，为什么却这么快就没了？只有想明白这个问题，才能避免重蹈覆辙。
他们认为，元朝衰落的原因，倒是不难总结，那就是无穷无尽的内乱。无论是汗系内部，还是大汗与蒙古贵人之间，都长期缺乏稳定的制度，仅仅只靠几个优秀的首领才能维持。稍有风波和矛盾，就会陷入严重的冲突和内耗，对本来就不稳的秩序，造成更大的破坏。
而这种脆弱的制度，就是蒙古人带来的。这些人的组织太过原始，政治水平太过拙劣，最终败坏掉了大元朝的良好局面。
可见，大元哪里都好，就是这些蒙古人不行。
想重振当年的国威，恢复太祖、世祖时的国势，就得把这些光会坏事的家伙都踢出去。没了蒙古人，大元就会好起来了。
因此，爪哇元号召商人和士大夫们团结起来，建立一个更加完善的元朝政权。在和西洋贸易国的来往中，他们使用的拉丁文和希腊文正式国号，就叫“汉民族的正统大元帝国”。
郭康总感觉这个理论有点怪，而且怎么看，爪哇元其实都既不正统，也不大元，更不是帝国。毕竟他们只是一群商人建立的联邦而已。
而且，不止他，其他不少人也觉得很奇怪。脱欢就给他吐槽，说神圣罗马帝国的罗马属性，可能都比爪哇元的元朝属性高。
不过，孙十万的随员告诉他们，这里，被排斥的蒙古人，只是上层的蒙古贵族。海商们当然并不会排斥所有蒙古人：元朝还在的时候，他们就频繁购买蒙古奴仆了。至今，在爪哇元，蒙古奴隶和士兵都还有一定数量。
这个思路也造成了一些奇怪的结果。比如最近，双方交战的时候，明朝军队里的蒙古军官，都比爪哇元那边的多。
脱欢怀疑，这种元朝还叫元朝么。但爪哇元方面表示，元朝又不是蒙古大汗的元朝，而是大汗和士大夫共有的元朝。
太祖成吉思汗时，蒙古人尚且堪用；到世祖薛禅汗时，很多部落乃至宗王，就以捣乱为主，需要教训了；世祖之后，连大汗和贵人都一代不如一代。所以，他们如今就应该替长生天和成吉思汗，好好管教这些蒙古人，才算对得起大元。
脱欢说不过这些人，只能放弃。反正是忽必烈家那边的事儿，他一个自称拔都后代的，好像也没必要去管……
不过，郭康还是对于他们能否帮上忙，存有很大疑虑。因为爪哇元和明朝，几十年来一直是死对头。
越南和梁王政权相继败亡之后，爪哇元已经成了明朝在东南方向最大的威胁。爪哇海盗在当地元朝遗老遗少，和张士诚、方国珍、陈友定等各部残余势力的配合下，频繁袭击沿海，四处劫掠。
明朝一开始试图通过禁海，斩断他们的联系，抑制海盗的肆虐。然而，这种招数对付小股海盗还行，对付爪哇元这种拥有正规军的势力，就明显不够了。
明朝又试图迁徙重要地区的沿海民众，在方便登陆的地区坚壁清野，试图断绝爪哇海盗的补给，逼他们尽快离开。然而迁徙行为影响了当地人的生计，反而引起更大的不满。
失去生活来源的渔民和小商人纷纷啸集海岸，私自从事捕鱼和黑市贸易，乃至主动投向爪哇元。官府屡次下达禁令，都达不到效果，反而导致情况更加恶化。爪哇军队甚至公然登陆，攻打州县，抢劫府库。又和东北地区的元朝残余势力配合，多路袭扰，让朝廷焦头烂额。
洪武十二年，胡惟庸案爆发。有人告发他与占城国有秘密往来，而占城是明朝和爪哇元之间的重要缓冲国。事件迅速发酵，最后演变成了勾结爪哇元意图叛乱的大案，朝野上下受到巨大冲击。
不过，借着这次大案，明朝终于开始转变思路，不再继续折腾渔民，而是试图打击爪哇元在中上阶层的支持者，同时开始筹建水师，准备在海上消灭敌人。
水师是十分烧钱的，而且是持续地烧钱。陆军不用时，可以屯田种地，但船就算丢那儿不用，都得频繁花钱维护。
而且，一艘船往往起不到什么作用，至少得让自己水师的规模和敌人差距不太大，才会产生价值。一次的投入，不是一条战船，而是一整个船队。
所以，中原王朝对此往往热情都不高。
扩建水师往往只在两种情况下可行：要么，敌人造成的损失太大，已经远超水师的高昂费用。要么，就是水师带来的收益很高，让这些成本可以忍受。
明朝是被迫接受了前者。但当水师建立起来，并且因为战争，需要长期维持的时候，追求后者，以降低财政压力，就变得理所当然了。
实际上，远洋商路不仅对紫帐重要，对任何一个国家，都是巨大的财源。明朝虽然是各种精工商品的原产地，看起来十分富饶，但这么一大笔税收，对他们来说也不是个小数字。这些利益，吃不到的时候觉得无所谓，一旦体验了两回，就不想放手了。
第二轮战争主要在海上进行，虽然规模不如上一次，但涉及的范围更大。爪哇元和明朝的水师，从琉球打到满剌加，整个南洋都变成了战场。
明朝一度在满剌加筑城驻军，试图卡住海峡，切断爪哇元的贸易通道，困死他们。爪哇元则一边绕向南方，寻找新航线，一边与帖木儿帝国结盟，打跑了明军，夺回据点。而几年之后，明军又从交趾乘船南下，试图再次争夺贸易线……
零零散散的战斗，一直持续到朱元璋去世，才告一段落。然而消停了没几年，继任的天平皇帝朱标又发动了新的战争，试图从吕宋岛下手，双方再次打成一锅粥。严格来说，这一轮一直持续到现在，都没算结束。