《奥日与黑暗森林》讲诉了一个童话般唯美而悲伤的故事。灵魂树守护着黑暗森林，灵魂树有许多孩子，它们是精灵。在一场风暴中，灵魂树刚刚诞生的孩子奥日（ori）因为一次风暴，吹到森林外围，被一只充满母性的黑色生物纳鲁捡到。
纳鲁与奥日一起快乐地生活了好几年，自然也让奥日沾染了快乐与悲伤的情感—而这些都是精灵本不应该拥有的。
而这时候，灵魂树为了召回奥日，不得已发动了“光之祭祀”，光明照亮了整个黑夜，却在无意中杀死了黑暗生物——大黑鸟黑子的三个孩子，只剩下了一颗尚未孵化的蛋。
被复仇的情感填满了心头的黑子，夺走了灵魂树的至宝“赛安”，使灵魂树失去了保护黑暗森林的能力，水、火、风三个元素的平衡被打破，黑暗森林濒临毁灭。
也因为森林的枯萎，导致纳鲁被饿死，奥日变得消沉并且一蹶不振，最后还丢掉了生命。
直到此时灵魂树才终于找到了奥日，并且用尽最后的魔力复活了它。
奥日知道了自己的使命，于是去寻找丢失的三个元素，恢复森林的生机。
在经过重重苦难，也就是游戏中的大部分流程之后，故事终于迎来了尾声——
奥日终于相继恢复了三个元素，却在这时，森林突然开始燃起了熊熊大火。
此时纳鲁被奥日的伙伴用魔法道具复活了，复活后的纳鲁一心想要再见到奥日，于是在伙伴的带领下外出寻找奥日。
另一方面，奥日在将“赛安”交还给灵魂树，想要阻止大火蔓延的时候，却被黑子抓住了，无法平息的大火逐渐破坏森林。
在黑子的阻挠下奥日不仅无法让灵魂树重新获得力量，自己也处于危在旦夕的危险处境之中。
恰好在最后一刻，纳鲁赶到了。
但是平凡的纳鲁没有能力，它无法阻止可怕的怪物黑子，也无法阻止大火，却依然毫不犹豫，不计后果地冲到奥日身边保护它。
因为奥日是它最珍贵的宝物，它如亲子般将奥日抚养长大。
即使它们两个绝对不是同一个种族，亲情的血却早已浓于同族之血，就算面对着这无法阻止的燎原大火，纳鲁也要紧紧地保护住自己的孩子，心中也只有这么一个想法——
就算是死也要保护好奥日！
黑子被这一幕感动了，让它想起了自己的孩子，想起了自己还有一颗尚未孵化的蛋。
于是它从复仇的狂热中惊醒，为了阻止大火，保护自己唯一的希望，黑子亲自将赛安交还给了灵魂树，自己却被灵魂树的光芒燃烧殆尽。
灵魂树复活了，黑暗森林也得以重新变得生机勃勃，此时故事迎来结尾。
纳鲁带着奥日和他的伙伴继续快乐地生活在一起，黑子最后的蛋也在它们的家中，而黑子的孩子即将破壳而出。，